Pembentukan Malaysia mendapat tentangan yang hebat daripada 2 buah negara iaitu Filipina dan Indonesia. Hal yang dipertikaikan kedua-dua buah negara ini melibatkan kedudukan geografi, sumber asli dan juga perancangan tersendiri mereka. Seterusnya, hal ini menyebabkan Filipina membantah kewujudan Malaysia dan Indonesia pula cuba menghalang pembentukan Malaysia.

Filipina

Isu yang disentuh oleh Presiden Macapagal selaku Presiden Filipina ketika itu ialah pendakwaan bahawa Sabah ialah sebahagian daripada milik negaranya. Sekiranya pembentukan Malaysia diteruskan, maka proses tuntutan hak milik Filipina terhadap Sabah akan terganggu dan lebih sulit. Walaupun setelah pungutan suara telah dibuat oleh Suruhanjaya Cobbold dan ternyata majoriti rakyat wilayah Sabah sendiri memilih untuk menyertai Malaysia, kerajaan Filipina terus membantah keputusan itu. Seterusnya, tindakan drastik yang diambil oleh Filipina sebagai bantahan keputusan tersebut ialah memutuskan hubungan diplomatik dengan Malaysia.

Indonesia

Indonesia merupakan negara yang terdekat dengan Tanah Melayu mengikut kedudukan geografi, namun pembentukan Malaysia dibantah sekeras-kerasnya oleh kerajaan pada ketika itu. Hal ini dapat dilihat dengan lebih jelas apabila Presiden Sukarno selaku Presidan Indonesia ketika itu yang mana beliau telah mengumumkan dasar konfrantasinya pada 20 Januari 1963 dengan slogan ‘Ganyang Malaysia’. Presiden Sukarno telah menyatakan sebab konfrontasinya bahawa protes tersebut adalah kerana Tanah Melayu membelakangkan Indonesia semasa penubuhan Malaysia. Tambahan lagi bagi pihak pentadbiran Indonesia, pembentukan Malaysia mengancam idea pembentukan empayar Indonesia Raya.

Pembantahan terhadap Pembentukan Malaysia naik kepada satu tahap yang lebih tinggi apabila Presiden Sukarno mengarahkan penghantaran Tentera Indonesia untuk memasuki sempadan Sabah dan Sarawak. Seterusnya, tentara Indonesia mendarat di pantai barat Johor supaya pengintipan terhadap perkembangan pembentukan Malaysia dapat dilakukan namun tindakan ini dapat dihalang sehingga perancangan Presiden Sukarno itu menjadi semakin lemah dan akhirnya gagal. Presiden Sukarno telah digulingkan oleh Jeneral Suharto pada tahun 1965 dan tindakan proaktif diambil oleh pihak Indonesia apabila Menteri Luarnya, Adam Malik membuat perjanjian damai bagi menamatkan konfrantasi pada bulan ogos 1966.